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http://repositorioamazonia.ibict.br/handle/1/480| Título: | Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: sequenciamento de Expressed Sequence Tags (ESTs) |
| Autor(es): | Marcicleide Lima da Silva |
| metadata.dc.publisher.institution: | Universidade Federal do Amazonas |
| Cidade: | Manaus |
| Estado: | AM |
| Tipo: | Econômica Tecnológica |
| Ano do Prêmio: | 2006 |
| Classificação: | Sem Classificação |
| Palavras-chave: | Frutos Camu-Camu |
| Descrição: | O camu-camu (Myrciaria dubia (H.B.K.) McVaugh), espécie nativa das margens de rios e lagos da Amazônia e pertencente à família Myrtaceae, apresenta fruto rico em ácido ascórbico (Vitamina C). O estudo do genoma funcional (genes expressos) do fruto de camu-camu terá como base o sequenciamento de fragmentos de sequências expressas – ESTs (Expressed Sequence Tags). O sequenciamento de ESTs é uma importante ferramenta que vem sendo bastante utilizada para estudar expressões gênicas e poderá auxiliar na busca dos genes expressos em frutos de camu-camu. As informações poderão contribuir para um maior conhecimento sobre essa espécie, além de auxiliar na sua domesticação, pela utilização esses dados em programa de melhoramento genético. Diante do exposto, objetiva-se com este estudo: analisar e identificar genes expressos em frutos de camu-camu por meio de sequenciamento de ESTs (Expressed Sequence Tags). Os frutos serão coletados de plantas de camu-camu, cultivada em terra firme na Fazendo Yurican (Rio Preto da Eva, AM) sob coordenação do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia – INPA. As etapas que se seguem serão realizadas no Laboratório de Biotecnologia da EMBRAPA/CENARGEM (Brasília, DF). Após coletados, os frutos, serão congelados inteiros em gelo seco e levados ao laboratório em que será feita a separação dos componentes: casca-polpa e sementes. A casca-polpa dos frutos em diferentes estágios iniciais de maturação, serão utilizadas para a construção da biblioteca . Não há descrição de um protocolo de extração de RNA total dessa espécie, será utilizado o protocolo descrito por Asif et al. (2000), cuja base é de CTAB, entretanto, foram necessárias algumas modificações para melhorar a qualidade do RNA obtido, para criar um protocolo específico para a extração de RNA total de frutos de camu-camu. O mRNA poliadenilado foi purificado utilizando o “Kit Message Maker mRNA Isolation System (GIBCO)” seguindo as instruções contidas no manual do “Kit”. A síntese e a clonagem de cDNA serão conduzidas segundo o protocolo do “ Kit SuperScrip Plasmid System with Gateway Synthesis and Cloning (Invitrogen)”. Os cDNAs obtidos serão separados de acordo com o tamanho formando três “pools” e ligados ao plasmídio pSPORT 1. O sistema de ligação utilizará para transformação E. coli XL1-blue por meio de eletroporação, nas seguintes condições: voltagem 1.900 e resistência 2.500. Na Universidade Federal do Amazonas serão sequenciadas 1.000 ESTs, no entanto esse número pode ser aumentado ao longo do desenvolvimento do projeto. A análise da preparação dos plasmídio será feita em eletroforese e gel de agarose 0,8%, bem como a sua estimativa de concentração. O sequenciamento dos ESTs foi realizado tanto no Laboratório de Tecnologia do DNA do Centro de Apoio Multidisciplina da Universidade Federal do Amazonas (UFAM), como na Plataforma de Sequenciamento da EMBRAPA/CENARGEN. As sequências ESTs obtidas foram submetidas ao Sistema Genoma, programa de anotação genômica produzido pela Rede de Bioinformática do Centro-Oeste – BIOFOCO, da EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia, (http:// condor.genoma.cenargen.embrapa.br/ genoma/classes/JFrameGeno-ma.jnlp), que integra programas de gerenciamento de análise e visualização de sequências nucleotídicas. As sequências serão analisadas quanto à similaridade por meio do índice estatístico e-value menor/iguais a e-10 pela redundância da biblioteca, para o número de contigs e singletons; além de característica funcionais das proteínas (categorização) identificadas com grupos órtogos (GO). |
| Aparece nas coleções: | Econômica Tecnológica |
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